Uz gentoolkit dolaze programi eclean-dist i eclean-pkg. Dakle, sve što Vam je potrebno da biste dobili ove programe je da instalirate paket gentoolkit i da povremeno pokrećete eclen-dist i eclean-pkg. Prvi od ova dva će se pobrinuti da svi fajlovi iz /usr/portage/distfiles koji ne pripadaju ni jednom od paketa koji imate instalirane budu obrisani, dok drugi radi isto samo sa paketima iz /usr/portage/package/All. Opcije za oba programa su:

-C, --nocolor                - isključi boje
-d, --destructive            - zadrži samo minimum za reinstalaciju
-e, --exclude-file=<putanja> - putanja do fajla sa sadržajem za isključivanje fajlova iz liste brisanja
-i, --interactive            - pitaj pre brisanja
-n, --package-names          - zaštiti sve verzije (kada se koristi --destructive)
-p, --pretend                - samo prikazuje šta bi bilo izbrisano
-q, --quiet                  - što manje ispisa
-t, --time-limit=<vreme>     - ne briši fajlove koji su menjani od <vreme> na dalje
  <vreme> je trajanje: "1y" je "jedna godina", "2w" je "dve nedelje", itd.
  Jedinice su: y (godine) m (meseci) w (nedelje) d (dani) i h (sati).
-h, --help                   - prikaži pomoć
-V, --version                - prikaži verziju

Za eclean-dist postoje i dodatne opcije:

-f, --fetch-restricted   - ne briši fajlove koji imaju restrikciju na skidanje (kada se koristi --destructive)
-s, --size-limit=<veličina>  - ne briši fajlove veće od <veličina>
  <veličina> je: "10M" za "deset megabajta", "200K" is za "dvesta kilobajta", itd.
  Jedinice su: G, M, K i B.